KLASIFIKASI FILOGENI, “BEST OF THE BEST”-NYA SISTEM KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP? (Sebuah Suplemen untuk Para Penggali Pengetahuan Biologi)

Oleh HENDRIUS CANDRA, M.Si.

(Pengajar Biologi SMAN 1 Ciampea)

Taksonomi sebagai cabang biologi yang mengurusi tentang pencirian, penamaan dan penggolongan makhluk hidup yang ada di seluruh jagat ini ternyata masih terus berkembang, tidak stagnant seperti prasangka banyak pengamat dari salah satu disiplin Biologi tertua ini.  Terutama pada akhir-akhir ini, di masa keemasan Bioteknologi yang telah mengangkat kembali ilmu-ilmu dasar ke arena dunia ilmu.  Diterangkan bahwa sistem klasifikasi organisme di dunia ini terbagi-bagi menurut versi dari ahli-ahli tertentu dan dalam kurun waktu tertentu. Adalah suatu hal yang lumrah jika seorang Taksonom ingin membuat sistem klasifikasi yang dianggapnya “paling sempurna”, artinya dapat memberikan semua jawaban dari semua pertanyaan-pertanyaan dalam dunia keilmuan khususnya Biologi. Sebagai ilmu “ibu Biologi”, Taksonomi diharapkan dapat membagi penjelasan mengenai satu makhluk hidup dari segi mofologi, anatomi, fisiologi, evolusi, ekologi, genetika dan lainnya. Berdasarkan itulah sampai saat ini silih berganti dan saling melengkapi terjadi pada pengklasifikasian makhluk hidup.

Carl Woose (1990) dari University of Illionis-Amerika Serikat, telah mengusulkan sistem klasifikasi “terbaru” saat ini yang dikenal dengan : Klasifikasi Filogeni.  Sistem klasifikasi ini mampu mendekati tujuan utama klasifikasi yaitu kestabilan kemampuan prediksi yang tinggi dan juga memiliki data yang mampu menunjukkan hubungan kekerabatan antar organisme, untuk selanjutnya menjadi poin penting dalam menelusuri jejak-jejak evolusi.  Ini yang tidak dimiliki oleh Sistem Klasifikasi Konvensional, yang lebih berdasarkan pada morfologi dan fisiologi.  Klasifikasi Filogeni berarti klasifikasi yang disusun berdasarkan hirarki yang mencerminkan hubungan kekerabatan dengan tetuanya. Ini merupakan hal penting dalam pembahasan Biosistematika yang merupakan cabang ilmu perkembangan Taksonomi.

Dengan menggunakan makro selluler yang terseleksi, artinya terdapat pada semua organisme, berfungsi identik pada tiap organisme, dapat dibandingkan secara objektif dan  dapat berubah sesuai dengan jarak evolusinya, sehingga dapat dijadikan sebagai Kromometer (tolok ukur kronologi) evolusi yang andal, maka dimulailah pembentukan sistem klasifikasi ini.  Dan RNA ribosom (rRNA) menjadi molekul kuno yang terpilih ! Molekul ini fungsinya tetap, terdapat secara universal, relatif tidak banyak berubah dan mudah diisolasi serta dimurnikan dari berbagai organisme tanpa memerlukan prosedur kloning molekuler. Setelah melalui beberapa uji coba, maka perbandingan sekuens 16s rRNA dipakai secara intensif untuk mengembangkan sistem klasifikasi paling mutahir ini.

Pencirian Taksonomi

Berdasarkan penjelasan sebelumnya, organsme dunia dibagi menjadi 3 Domain yang merupakan strata klasifikasi satu tingkat di atas Kingdom yaitu : Archaea, Bacteria, dan Eucarya. Ada 6 Kingdom di dalamnya yaitu Archaebacteria (bakteri purba), Eubacteria (bakteri sejati), Protista, Fungi, Plantae, Animalia.  Kesemuanya berasal dari nenek moyang umum semua organisme.  Ketiga kelompok ini memperlihatkan perbedaan dalam sekuens rRNA, biokimia sel dan fisiologinya.  Kedekatan hubungan evolusi antar anggotanya diperlihatkan oleh susunan sekuens 16s, di mana semakin mirip susunan sekuensnya maka semakin dekat hubungan kekerabatan antar organisme satu dengan lainnya. Begitu pula sebaliknya, tanpa harus melihat bentuk dan ukuran organisme. Misalnya, dari hasil penelitian didapatkan bahwa Glycine sp (kacang kedelai) ternyata lebih dekat kekerabatannya dengan Pisum sp (kacang buncis) karena susuna 16s rRNA-nya lebih mirip daripada dengan Glycine sp dengan Psilotum sp (Tumbuhan Paku ). Berdasarkan klasifikasi sebelumnya dapat dapat dijelaskan bahwa kedua jenis pertama merupakan anggota Divisio Spermatophyta (Tumbuhan Berbiji) dan yang terakhir adalah anggota Divisio Pteridophyta (Tumbuhan Paku). Di sini berarti bahwa dengan menggunakan sistem ini, akan lebih jelas lagi perbedaan organisme-organisme dalam kelompok tertentu.

Penamaan Taksonomi

Penamaan dari Domain-domain di atas didasarkan pada beberapa pertimbangan yaitu berusaha mempertahankan nama-nama layak yang sudah ada, mengusulkan nama berdasarkan ciri-ciri yang mendasar dari kelompok tersebut dan membatalkan pernyataan bahwa Eubacteria (Bakteri sejati) dan Archaebacteria (Bakteri purba) ada hubungan dekat satu sama lain.  Aturan lain adalah bahwa setiap nama Domain selalu diberi akhiran “a”. Untuk Eubacteria, nama “Bacteria” saja masih layak sehingga tetap dipertahankan. Sementara itu Archaebacteria diberi nama “Archaea” yang berarti primitif, berdasarkan bukti-bukti primitif yang ada padanya. Jadi, dibedakan dengan bakteri biasa umumnya.

Penggolongan Taksonomi

Setiap Domain dibagi menjadi beberapa golongan setingkat Kingdom. Domain Bacteria adalah kelompok dengan karakter-karakter : tidak mempunyai nukleus alias inti sel, intron terdapat pada gen tRNA dan sensitivitas ribosom pada toksin dipteri - pada dinding selnya memiliki asam muramat - membran lipidnya berupa ikatan ester - ribosomnya berukuran 70s dan memiliki sensitivitas pada senyawa klorafenikol, streptomicin dan kanamisin. Ciri khasnya adalah tRNA inisiator berupa fmet dan ada 1 (4 subunit) RNA polimerase. Yang tercakup dalam Domain ini adalah: Thermotogales, Flavobakteri, Cyanobakteri, Bakteri Ungu, Bakteri Gram Positif dan Bakteri Non Sulfur Hijau.

Sementara Domain Archaea, dibedakan lagi menjadi 2 golongan yaitu Euryarchaeta, mencakup : Themococales, Metanococales, Metanobacteriales, dan Bakteri Halofil Ekstrem serta Crenarchaeota yang meliputi : Pyrodictium Theraoproteus.  Alasan pembagian ini karena struktur filogenetik domain kelihatan relatif sederhana dan dapat dijelaskan pada level Kingdom.  Domain ini dicirikan dengan tidak adanya nukleus dan sensitivitas pada kloramikol, streptomisin dan kanamisin-membran lipid berupa lipatan ester-ribosom 70s sama dengan Bakteria-tRNA inisiator berupa met.-ada intron pada gen tRNA dan sensitivitas ribosom pada  pada toksin difteri.  Sebagai penciri khas Domain ini adalah tidak adanya asam muramat pada dinding sel dan terdapatnya beberapa RNA polimerase, masing-masing 8-12 unit.

Di lain pihak, Eucarya merupakan satu-satunya Domain yang memiliki nukleus. Selain itu ciri khasnya adalah ribosom 30s dan adanya RNA polimerase yang masing-masing terdiri atas 12-14 unit. Ciri lainnya, adanya asam muramat pada dinding pada dinding sel – intron pada gen tRNA dan sensitivitas ribosom pada toksin ribosom – lipid membran disusun oleh ikatan ester dan tRNA inisiator berupa met.  Tetapi, kelompok ini tidak memiliki sensitivitas pada klorafenikol, streptomycin dan kanamisin. Animalia (Kerajaan Hewan), Plantae (Tumbuhan Hijau) dan Fungi (Jamur) termasuk ke sini.  Selain itu tercakup juga organisme bersel satu Protista (Cilliata, Flagellata dan Mikrosperidia dan lainnya).

Akhirnya Sistem Klasifikasi ini diharapkan dapat memperbaiki kekurangan-kekurangan yang terdapat pada system klasifikasi sebelumnya. Lebih khusus lagi akan dapat melengkapi suatu system alami pada tingkatan tertinggi, melengkapi sistem klasifikasi mikroorganisme secara lebih baik lagi, mengakui bahwa pada akhir evolusi, tumbuhan dan hewan tidak menduduki posisi istimewa, mengakui kebebasan garis keturunan Archaea dan Bacteria serta mendidik pemahaman tentang garis keturunan mikroba primitif.

Berdasarkan penjelasan-penjelasan sebelumnya, apakah sudah dapat disimpulkan bahwa Klasifikasi Filogeni merupakan system klasifiksi terbaik di antara semua yang sudah ada di dunia ? Tergantung dari masing-masing “penggemar Biologi” yang menjawabnya. Biarlah mereka memilih dengan sejuta alas an-alasan ilmiahnya. Yang jelas, di masa mendatang kemungkinan akan muncul sebuah sistem klasifikasi yang lebih baru lagi dan mungkin lebih baik lagi.  Kita tunggu saja tanggal mainnya ! Semoga analisa sederhana ini dapat berguna bagi para ilmuwan, pengajar, pelajar ataupun penggemar Biologi serta orang awam sekalipun untuk lebih memahami mengenai sistem klasifikasi makhluk hidup yang ada sebagai dasar dalam pemahaman konsep-konsep Biologi dan sains lainnya seperti Kimia, Fisika, Geologi, Astronomi, ataupun ilmu-ilmu sosial, serta ilmu kehidupan lainnya.  (Hendrius Candra, dari berbagai sumber)